Niestety nie każdy pokarm po spożyciu pozostaje obojętny zarówno dla naszego układu pokarmowego jak i dla układu immunologicznego. Z całą pewnością dieta eliminacyjna powinna być zastosowana podczas zdiagnozowania nietolerancji i alergii pokarmowych. Pojawia się coraz więcej doniesień, ukazujących, że eliminacja pewnych produktów z diety, w konkretnych jednostkach chorobowych np. w zespole jelita nadwrażliwego, w nieswoistych chorobach zapalnych jelit, w przypadku depresji, autyzmu, ADHD, RZS, astmy, itd. może przynosić pacjentom wiele korzyści.
Dość istotną zasadą podczas diety eliminacyjnej jest Złota Zasada „trzech na jednego”. Każdy składnik, który mamy do wyeliminowania z diety, powinien zostać zastąpiony trzema innymi. Przykładowo, eliminując z diety gluten możemy z powodzeniem zastąpić go amarantusem, komosą ryżową, czy kaszą jaglaną.
